Il nucleo originario esisteva già in epoca medievale, ma notizie più certe risalgono al XVI secolo. A quest'epoca l'edificato era situato a Sud del fiume Olona ed il suo territorio aveva un'estensione di circa 202 ettari  - ad uso agricolo, prati e boschi - irrigati mediante due rogge costruite nel 1.531, derivanti direttamente dall'Olona.
La comunità contava circa 100 abitanti suddivisi in 10 famiglie.
Nella seconda metà del XVII secolo Lucernate diventa uno dei feudi della famiglia Gorani e rafforza i suoi connotati di piccolo nucleo urbanizzato. Era già presente la chiesa di S. Francesco , venne costruito il palazzo signorile.
Dopo vari passaggi tra proprietari terrieri nel corso dei secoli, i principali edifici storici sono stati mantenuti in buono stato per tutto il XIX secolo e permangono tuttora.
Nel 1935 il palazzo era sede del Sugherificio Milanese.
In seguito l'antico giardino, così come il cortile, è diventato area di pertinenza ad attività industriali (attività che hanno sensibilmente deturpato il complesso), mentre l'edificio è nuovamente diventato di proprietà privata (oggi in deplorevole stato di abbandono).
Oggi la frazione è organizzata attorno al nucleo storico originario (piccolo centro agricolo con piazza, via principale, chiesa) intorno al quale è andato sviluppandosi un edificato di media densità.

Lucernate è frazione di Rho dal 1928 e pertanto parte integrante dell'agglomerato urbano.E' caratterizzata dalla presenza del nucleo storico, che vede il suo centro ideale nell'intersezione tra le vie Giulio Cesare e Cornaredo con la presenza della chiesa seicentesca e del Palazzo Gorani, ad ovest della via Magenta.
Dal 1937, con l'avvenuta prima industrializzazione, si nota immediatamente sia il grande "salto" avutosi nello sviluppo di Rho, ma anche una prima perdita di rigore legata a questo improvviso sviluppo, anche se gli insediamenti continuano a seguire la morfologia agricola. La prima area di maggior sviluppo è proprio quella che attualmente confina con la zona oggetto di Contratto di Quartiere, tra la ferrovia ed il corso dell'Olona (margini rispettivamente a Nord e a Sud) e limitata a Ovest da vicolo Magenta e a Est da via Molino Nuovo. Per quanto riguarda il centro abitato di Lucernate, si è anch'esso esteso principalmente lungo la via Manara.
Allo stato attuale nel quartiere si riscontra una parziale presenza di attività varie (ad esempio il nuovo centro artigiano) e di servizi (attrezzature per lo sport presso l'oratorio, due aree destinate a verde pubblico ed il complesso scolastico) collocati in posizione baricentrica tra il centro storico della frazione e la zona scelta per la proposta di Contratto di Quartiere.
Nonostante ciò Lucernate è completamente dipendente dal centro di Rho e soffre molto per la separazione costituita dalla ferrovia, barriera creatasi e consolidatasi nel tempo.

Qui si sono concentrati nel tempo gli insediamenti meno "urbani": le industrie (delle quali il nucleo originario compare ben strutturato tra la ferrovia e l'Olona già nella cartografia del 1937), i terreni liberi, non più utilizzati (o solo marginalmente utilizzati) per la produzione agricola che sono divenuti "vuoti" urbani facilmente occupati in modo improprio.
Il Comune sta allora promuovendo la "ricucitura" fra le due parti del proprio territorio con diversi interventi tra i quali il sovrappasso carrabile sulla ferrovia, in corso di completamento, è sicuramente eloquente.
Anche gran parte delle azioni contenute nel Contratto di Quartiere - riguardanti le opere infrastrutturali e le azioni sociali - concorrono a dare risposta a questa esigenza.

Sul piano sociale, ad esempio, la fascia Sud si avvale della presenza del Centro Territoriale Permanente (in via Verdi, traversa della via S. Martino), struttura a sostegno degli adulti per varie attività di formazione. Come altra iniziativa di tipo sociale, diversi tipi di attività (specialmente indirizzate a giovani e bambini) sono promosse dal Centro Multiculturale Macondo, struttura progettata, costruita e gestita dal Comune.
Un'ultima nota merita il fatto che il Parco Sud Milano, con le sue valenze, rientra in parte anche dentro i confini comunali di Rho.
La peculiarità del Parco agricolo è tuttora la presenza di una fitta maglia agricola produttiva, storicamente consolidata, ricca di terreni fertili e coltivati. Sono aree di notevole rilevanza, da salvaguardare e valorizzare come patrimonio storico della conduzione agricola, spesso ancora delimitate da filari alberati che delimitano geometricamente i campi coltivati e l'andamento dei corsi d'acqua. La complessa e ricca rete irrigua costituita da corsi d'acqua naturali e artificiali, insieme con la maglia stradale agricola, determina l'organizzazione spaziale e funzionale del parco, caratterizzato dalla presenza di numerosi nuclei rurali, cascine di antica origine, omogeneamente distribuiti sul territorio. All'interno del territorio rhodense particolare pregio ha l'opera di salvaguardia dei fontanili.